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很多病原體對魚體不表現出明顯症狀，因此單純憑目檢，顯然是不夠的，還需結合鏡檢確定病原。
檢查方法有兩種：
玻片壓展法:用兩片厚度3-4毫米，大小約6厘米×12厘米的玻片，先將體表黏液刮取物、腸管內含物、內臟器官等，放在其中一片玻片上，滴加適量的清水或鹽水(體外器官或黏液用清水；體內器官、組織或內含物用0.65%食鹽水)，用另一片玻片將它壓成透明的薄層，即可放在解剖鏡或低倍顯微鏡下檢查，如發現病原體或某些可疑的病狀，仔細用鑷子或解剖針、微吸管，將其從薄層中取出來，放在盛有清水或食鹽水的培養皿裡，進一步加以觀察和處理。
載玻片壓展法:用小剪刀或鑷子取出一小滴內含物或一小塊組織置於載玻片上，滴加一小滴水或生理鹽水，蓋上蓋玻片，輕輕壓平後，先在低倍顯微鏡下檢查，發現寄生蟲或可疑現象時，再用高倍顯微鏡仔細檢查。
鏡檢時，除病毒病原體需通過電子顯微鏡才能觀察到，一般的細菌病原體，在光鏡下可以檢查出來。 但單憑觀察形態，還不能確定它們的種類。 必要時需要進行分離、純培養以及感染實驗來確定病原。
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